La culture croissante des plantes génétiquement modifiées a soulevé un large éventail de préoccupations en matière de salubrité des aliments, d'effets environnementaux et de problèmes socio-économiques. Du point de vue de l'alimentation et de la santé, les principales préoccupations sont liées à la toxicité et à l'allergénicité possibles des aliments et des produits génétiquement modifiés.
Les préoccupations concernant les risques environnementaux comprennent l'impact de la dissémination non contrôlée des OGM dans les variétés naturelles, l'impact du flux génétique, l'effet sur les organismes non cibles, l'évolution de la résistance aux ravageurs et la perte de la biodiversité.
L'adoption des technologies GM a également suscité une série de préoccupations sociales et éthiques concernant la restriction de l'accès aux ressources génétiques et aux nouvelles technologies, la perte de traditions (comme la conservation des semences), le monopole privé et la perte de revenus des agriculteurs pauvres. Les preuves scientifiques concernant les impacts sur l'environnement et la santé des OGM sont encore émergentes. Néanmoins, les perceptions du public concernant les OGM dans l'alimentation et l'agriculture sont partagées avec une tendance à éviter les aliments et les produits génétiquement modifiés dans de nombreux pays développés et en développement.