La culture des plantes génétiquement modifiées aura des implications pour l'organisation des productions agricoles. Le flux de pollen entre les champs adjacents est un phénomène naturel. En raison des exigences d'étiquetage pour les aliments et les aliments génétiquement modifiés, cela peut avoir des implications économiques pour les agriculteurs qui veulent produire des plantes traditionnelles destinées à l'alimentation huamine et ou animale. La coexistence consiste à donner aux agriculteurs le choix pratique entre la production de cultures conventionnelles, biologiques et GM, conformément aux obligations légales en matière d'étiquetage et de normes de pureté.
Conformément à la directive 2001/18/CE (article 26 bis), les États membres peuvent prendre les mesures appropriées pour éviter la présence non intentionnelle d'OGM dans d'autres produits. Afin d'aider les États membres à développer des approches nationales de la coexistence, la Commission a instauré au sein de la direction générale du Centre Commun de Recherche (JRC) un Bureau de la coexistence (http://ecob.jrc.ec.europa.eu/). Cet « ECoB » a pour mission d'élaborer, par type de culture, des recueils de bonnes pratiques de coexistence. Au niveau national, la coexistence est réglée par la loi du 18 mars 2008 sur la commercialisation des semences et plants ainsi que sur la coexistence des cultures génétiquement modifiées, conventionnelles et biologiques.
Parmis les méthodes permettant d’éviter la présence fortuite de semances et plants génétiquement modifiés dans les cultures conventionnelles on peut par exemple :
- fixer des distances d'isolement des cultures génétiquement modifiées par rapport aux cultures conventionnelles ou biologiques d'espèces sexuellement compatibles et par rapport aux ruchers d'abeilles;
- fixer des conditions techniques concernant les pratiques culturales lors de la culture de semences et plants génétiquement modifiés et concernant la manipulation d'engins agricoles en contact avec de telless semences et plants lors de la mise en culture et de la récolte.