Par MGM, on désigne des micro-organismes tels une bactérie, un virus ou un champignon dont le matériel génétique a été modifié d’une manière qui ne se produit pas naturellement par multiplication et/ou par recombinaison naturelle.
Le contrôle s’applique à toute opération dans laquelle des micro-organismes sont génétiquement modifiés ou dans laquelle des MGM sont cultivés, stockés, transportés, détruits, éliminés ou utilisés de toute autre manière et pour laquelle des mesures de confinement/sécurité spécifiques sont prises pour limiter le contact de ces micro-organismes avec l’ensemble de la population et l’environnement. La Directive 2009/41/CE relative à l’utilisation confinée de micro-organismes génétiquement modifiés s’applique plus particulièrement à la recherche et à l‘industrie.