L’échantillonnage s’effectue principalement de manière sélective au niveau de la distribution et de la vente au détail.
Les échantillons prélevés dans le cadre du contrôle officiel sont analysés par le Laboratoire National de Santé, division du contrôle des denrées alimentaires, accrédité selon la norme ISO 17025.
La technique utilisée pour l’analyse des OGM est la technique PCR en temps réel (Real-Time-Polymerase Chain Reaction), une méthode dans laquelle un fragment d’ADN caractéristique de ou des OGM à rechercher est copié exponentiellement afin de pouvoir être détecté de manière physico-chimique par appariement à un fragment d’ADN complémentaire, phénomène qui se traduit par une émission de fluorescence.
En raison du nombre sans cesse croissant d’OGM qui sont actuellement mis sur le marché, une recherche de chaque OGM individuellement sur tous les échantillons relève de l’impossible aussi bien au niveau logistique qu’économique. C’est pour cela qu’au préalable le laboratoire effectue un screening lors duquel des fragments d’ADN communs à la majorité des OGM actuellement connus sont amplifiés, comme le promoteur 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur ou le terminateur NOS de la bactérie Agrobacterium tumefaciens, ce qui permet de déterminer si l’échantillon contient ou non des OGM avec une probabilité qui avoisine les 90-95%.
Lors d’une analyse qualitative, c.-à-d. une détermination de l’identité du ou des OGM présents dans l’échantillon, des fragments d’ADN sont amplifiés couvrant à la fois une partie de la séquence transgénique et une partie de la séquence d’ADN de l’espèce-hôte immédiatement voisine. Ces fragments sont spécifiques du site d’insertion de la séquence d’ADN transgénique au sein du génome de l’organisme-receveur étant donné que ce site d’insertion est spécifique de chaque OGM, même au cas où des constructions génétiques identiques auraient été utilisées pour la construction de plusieurs OGM de la même espèce.
Par analyse quantitative, on entend la détermination de la quantité d’ADN génétiquement modifiée par rapport à l’ADN total en termes de copies haploïdes par rapport à un gène de référence de l’espèce en question. Elle sert à vérifier la conformité de l’échantillon par rapport au seuil d’étiquetage légal de 0.9%. Pour ce faire, le nombre de copies transgéniques est comparé au nombre de copies d’un (seul) gène de référence caractéristique de l’espèce.